5.2.1   יו"ר האיגוד:

ייבחר על ידי חברי האסיפה הכללית לתקופה של 4 שנים, יהיה חייב לקבל רוב קולות של הבוחרים.
יו"ר האיגוד יוכל להיבחר לקדנציה נוספת רק לאחר הפסקה של 4 שנים. יו"ר האיגוד חייב להיות רופא ומומחה בפרמקולוגיה קלינית. מתפקידו של היו"ר למלא אחר הסמכויות והתפקידים כמפורט בסעיף 338 לתקנון הר"י ובהם לייצג את האיגוד בפני גורמים שונים בארץ ובחו"ל, לכהן כיו"ר ועד האיגוד ולהיות אחראי לפעילויות האיגוד למיניהן. בהיעדרו, ימלא את מקומו מזכיר האיגוד.

5.2.2   מזכיר וגזבר האיגוד:

ייבחרו ברוב קולות על ידי חברי האסיפה הכללית לתקופה של 4 שנים. גזבר ומזכיר האיגוד יוכלו להיבחר לקדנציה נוספת רק לאחר הפסקה של 4 שנים.
מתפקידו של מזכיר האיגוד לדאוג לעריכת פרוטוקולים של ישיבות הוועד, לבצע את ההתכתבויות של האיגוד, לדאוג לרשימה מעודכנת של החברים וכתובותיהם, וכמו כן עליו להודיע לחברים על פגישות, אסיפות ותוכניות. סמכויותיו ותפקידיו מפורטים בסעיף 339 לתקנון. הר"י בהיעדר המזכיר, ימלא את מקומו היו"ר או הגזבר.

מתפקידו של גזבר האיגוד להיות אחראי, בין היתר, לטיפול בדמי החבר באמצעות תיאום מנגנון גביית דמי החבר מול הר"י, לקבל עדכונים ביחס למספר החברים המשלמים ולסייע למשלוח דרישות ואזהרות לחברים שאינם משלמים. הגזבר אחראי לשימוש מושכל בכספי האיגוד, לניהול התנועות הכספיות של האיגוד ולהעברת מסמכים כגון חשבוניות והעתקי המחאות למחלקת הנהלת החשבונות בהר"י. סמכויותיו ותפקידיו מפורטים בסעיף 340 לתקנון הר"י.

הפעילות הכלכלית של האיגוד תתבצע אך ורק בתיאום עם מחלקת החשבונות בהר"י.
מתפקיד הגזבר להגיש לוועד ולאסיפה הכללית דו"ח על פעילות זו.
בהיעדר הגזבר, ימלא את מקומו היו"ר או המזכיר.

5.2.3   ועד האיגוד:

• מתפקידיו של הוועד לדאוג להגשמת מטרות האיגוד וליזום פעולות בהתאם.
• ועד האיגוד יהיה מורכב מחמישה חברים (כולל היו"ר). חברי הוועד יבחרו ברוב רגיל של הבוחרים, לתקופה של ארבע שנים.
• היו"ר יכנס את ישיבות הוועד ויקבע את סדר היום.
• ועד הארגון תתקיימנה לפחות פעמיים בשנה. חברי הוועד חייבים להיות חברים מן המניין.
• במקרה של שוויון קולות בהצבעת הוועד. יכריע קולו של היו"ר. הוועד יתעד את החלטותיו והנימוקים שבצדן בפרוטוקולים כתובים.
• הוועד יכהן בתפקידו 4 שנים עד שיבחר ועד חדש באסיפה כללית של האיגוד. חברי ועד יבחרו ברוב רגיל של הבוחרים באסיפה הכללית לתקופה של 4 שנים.
• במקרה ופחתו מספר חברי הוועד לפני תום כהונתו עד למטה מ- 3 חברים, יכנסו חברי הוועד הנותרים תוך 60 יום אסיפה כללית שלא מן המניין לשם החלטה על הוספת חברים חדשים לוועד.
• ועד האיגוד לא יוכל לקבל כל החלטה הנוגדת ו/או שאינה מתיישבת עם תקנונה, מדיניותה, החלטותיה או פעולותיה של הר"י.
• נושא תפקיד בוועד החברה לא יכהן בתפקיד אחר שיש בו ניגוד אינטרסים (כגון תפקיד דומה בוועד של איגוד מדעי ישראלי אחר).
• חבר ועד לא יקבל שכר עבור שירותיו לאיגוד. חבר רשאי לקבל החזר הוצאות בתפקיד ע"ס אישורים מתאימים. הוצאות הגבוהות מאשר פי 10 מדמי החבר יאושרו על ידי חברי הוועד.
• חבר ועד האיגוד שנעדר מארבע ישיבות רצופות, ללא סיבה סבירה, ייחשב כמתפטר מתפקידו, ותופסק כהונתו, ובלבד שתישלח אליו התראה מתאימה, ותינתן לו ההזדמנות לטעון את טענותיו בפני הוועד. התפטר או הועבר חבר ועד האיגוד מתפקידו, או שנבצר ממנו להמשיך לכהן בתפקידו מכל סיבה שהיא, יבוא במקומו החבר שקיבל את מספר הקולות הגבוה ביותר אחרי חברי הוועד המכהנים בבחירות לאיגוד.
• ועד האיגוד מחויב בכל ההתחייבויות המשפטיות (כספיות וחוזיות) שנטל על עצמו הוועד היוצא של האיגוד, ובלבד שנתקבלו בהתאם לתקנון הר"י, אלא אם כן פעל הוועד היוצא בניגוד לתקנון האיגוד או בניגוד לתקנון הר"י, וזאת בכפוף לכל דין.