הוועד יכול להביא בפני האסיפה הכללית הצעה לפירוק החברה. על הועד להמציא הצעה מעין זו לחברים לא יאוחר מחודשיים לפני האסיפה הכללית.
החלטה על פירוק האיגוד מתקבלת בהצבעה חשאית ברוב של שני שלישים ממספר החברים מן המניין באיגוד. במקרה של פרוק האיגוד יועבר רכוש האיגוד לוועד המרכזי של ההסתדרות הרפואית בישראל, אשר יעבירו לפי שיקול דעתו לכל גוף הדומה או הזהה במטרותיו לאיגוד.